L’une des principales propriétés des microorganismes probiotiques est de moduler le système immunitaire de l’hôte. C’est selon l’état de santé de la personne, qu’elle soit en bonne santé ou dans une situation médicale de dysfonctionnement immunitaire. Cela peut être une allergie ou une maladie inflammatoire de l’intestin. Les effets peuvent être très différents, mais habituellement, presque tous les probiotiques stimulent la défense immunitaire. Ils touchent aussi bien la phagocytose que les cytokines pro-inflammatoires. Ils influent favorablement sur la durée des étapes d’une infection ou à une réaction vaccinale.
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